除菌过滤器的过滤材质有多种选择，常见的包括聚偏二氟乙烯（PVDF）、聚醚砜（PES）、聚四氟乙烯（PTFE）、亲水聚四氟乙烯（LHPF）、尼龙（PA6、PA66）、改性纤维素（CN、CA、CN-CA）、聚丙烯（PP）等。这些材质各有特点，适用于不同的应用场景。

例如，聚偏二氟乙烯（PVDF）是一种精密过滤材料，具有良好的耐热和耐化学稳定性，可以制成亲水性的滤膜，广泛应用于制药工业、无菌制剂用水及注射用水的过滤等场合。聚醚砜（PES）则可以制成折叠式，常用于筒式过滤器中作为滤料，耐温、耐水的性能好，一般用于精度较高的溶液的精过滤中。聚四氟乙烯（PTFE）材料一般用于筒式过滤器中，属于疏水性的材料，耐热、耐化学性能稳定，常用于水、无机溶剂及空气的精过滤中。

在选择除菌过滤器的过滤材质时，需要充分考虑其与待过滤介质的兼容性，避免过滤器因与产品发生反应、释放物质或吸附作用而对产品质量产生不利影响。此外，还需要注意过滤器的纤维脱落问题，严禁使用含有石棉的过滤器。